却说桓温得专擅晋政，威权无比。他本来是目无君相，窥觎非分，曾经卧对亲僚道：“为尔寂寂，恐将为文景所笑！”
文景指司马师兄弟。嗣而又推枕起座道：“不能流芳百世，亦当遗臭万年！”为此一念，贻误不少。又曾经过王敦墓，慨望叹息道：“可人！可人！”
先是有人以王敦相比，桓温甚不平，至此反而感慨仰慕王敦，意图叛逆。
这个时候有远方女尼，前来面见桓温，桓温见她道骨珊珊，料非常人，于是留居别室。
那女尼在室中洗澡，桓温从门隙窥视，见女尼裸身入水，先自用刀破腹，继断两足，桓温大加惊异。既而女尼开门出来，完好如常，且已知桓温偷视己浴，竟问桓温道：“公可窥见否？”桓温料不可讳，便问主何吉凶？
女尼答云：“公若作天子，亦将如是！”桓温不禁色变，女尼即而向桓温告别离去。术士杜炅，能知人贵贱；桓温令言自己禄秩，杜炅微笑道：“明公勋格宇宙，位极人臣。”桓温默然不答。若非此二人相诫，桓温已早为桓玄了。
他本欲立功河朔，收集时望，然后还受九锡。自枋头败归，声名一挫，及既克寿春，因语参军郗超道：“此次战胜，能雪前耻否？”
郗超答言尚未。既而郗超就在桓温宿舍，夜半时对桓温说道：“明公当天下重任，年垂六十，尚未建立大功，如何镇惬民望！”桓温乃向郗超求计，郗超说道：“明公不为伊霍盛举，恐终不能宣威四海，压服兆民。”
桓温皱眉道：“此事将从何说起？”
郗超附耳说道：“这般这般，便不患无词了。”此贼可恶。桓温点首称善，方才安寝。
越日，便造出一种谣言，流播民间，但说皇帝司马奕素有阳痿之疾，不能御女，嬖人朱灵宝等，参侍内寝，二美人田氏和孟氏，私生三男，将建立太子，潜移皇基云云。
这种暧昧的情词，从何证实？明明是无过可指，就把那床第虚谈，架诬给皇帝司马奕，这真所谓欲加之罪，何患无辞呢。
桓温既而故意将此谣言传出，遂自广陵来到建康，奏禀太后褚氏，请将皇帝司马奕废去，改立丞相会稽王司马昱，并将废立命令，拟就草稿，一并呈入。
适得褚太后在佛屋烧香，由内侍入启云：“外有急奏。”
褚太后走出，来到门前，已有人持入奏章，捧呈褚太后。褚太后倚户展阅，看了数行，便怅然道：“我原疑有此事。”疑司马奕耶？疑桓温耶？说着，又另阅令草，才经一半，即索笔写入道：“未亡人不幸罹此百忧，感念存殁，心焉如割。”
写毕，便交与内侍，饬令送还。废立何事，乃草草批答，褚太后亦未免冒失。
桓温在外面待着，但恐太后不允，颇有忧容。及内侍颁还令草，无甚驳议，始改忧为喜。
越日，桓温来到朝堂，召集百官，取示令草，决议废立。
百官见状，都震栗失色，莫敢抗议；只是两晋相传，并没有废立故事，此次忽然提倡此议，欲要援证典章，苦无成制，百官都面面相觑，无从悬定。就是桓温亦是仓皇失措，不知所为。仓猝废立，典礼都未筹备，于是百官莫敢抗议，晋朝廷可谓无人。
独尚书仆射王彪之，毅然对桓温说道：“公阿衡皇家，当参酌古今，何不追法先代？”
桓温喜语道：“王仆射确是多能，就烦裁定便了。”
王彪之即命取汉《霍光传》援古定制，须臾即成，乃朝服立阶，神采自若。逢迎权恶，装出什么仪态。
然后王彪之将太后的命令，宣示朝堂，说道：“王室艰难，穆哀短祚，国嗣不育，储宫靡立。琅琊王奕，亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯！昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁予。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储藩，诬罔祖宗，倾移皇基，是而可忍，孰不可怀！
今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。但未亡人不幸罹此百忧，感念存殁，心焉如割。社稷大计，义不获已。丞相录尚书事会稽王昱，体自中宗，明德劭令，英秀玄虚，神契事外，以具瞻允塞，故阿衡三世，道化宣流，人望攸归，为日已久，宜从天人之心，以统皇极。饬有司明依旧典，以时施行。此令。”
总计皇帝司马奕在位六年，无什么失德之事，不过司马奕虽然在位，好似傀儡一般，内有会稽王司马昱，外有大司马桓温，把持国政。他曾经自虑失位，召术士扈谦筮易，卦象既成，扈谦据实答道：“晋室方如磐石，陛下未免出宫。”至是如今竟然如扈谦所言。
桓温使散骑侍郎刘享，收缴皇帝玺绶，逼司马奕出宫。时值仲秋，天气尚暖，司马奕但着白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神兽门，群臣相率拜辞，莫不欷歔。有何益处？侍御史殿中监，领兵百人，送司马奕至东海府第之中。一面具备法驾，由桓温率同百官，来到会稽邸第，迎会稽王司马昱入殿。
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